Восстановив единство армии обещанием принять основные положения «Народного соглашения», Кромвель двинул ее против роялистских и пресвитерианских мятежников, по частям разбил их и повернул войска против главного оплота короля — перешедших на его сторону шотландцев. Победа в этой кампании, которую принято называть второй гражданской войной, досталась сравнительно легко. 17 августа 1648 г. Кромвель смелым и неожиданным ударом под Престоном наголову разгромил 20-тысячную шотландскую армию, взяв половину ее в плен.
Теперь уже последняя карта короля была бита. Для него эта катастрофа была тем более ощутимой, что в апреле 1648 г. совещание руководителей армии под нажимом агитаторов приняло решение: «Карл Стюарт, человек, запятнанный кровью, должен быть призван к ответу за пролитую им кровь и за тягчайшие преступления против дела божьего и этой бедной нации».
Теперь, после победы над мятежниками, надо было осуществить это решение. Захваченного на острове Уайт короля под охраной поместили в надежном месте. Но предстояло еще сломить сопротивление пресвитерианского большинства парламента. Это оказалось делом нетрудным, так как соглашатели-пресвитериане, продолжавшие переговоры с королем, не располагали никакой силой, кроме формальных прав членов парламента. В условиях революции эта правовая сторона дела не имела существенного значения. Армия опять, как это было в 1647 г., вступила в столицу, а 6 декабря 1648 г. полковник Прайд с небольшим отрядом не пропустил в здание парламента около 150 пресвитериан. Хотя часть пресвитериан была оставлена в палате, после «прайдовой чистки» индепенденты имели прочное большинство. Долгий парламент 4 января 1649 г. провозгласил себя верховным органом государства, т.е. превратился из органа сословного представительства при абсолютном монархе в республиканский парламент. Назначенный им верховный суд под давлением армии вынес Карлу I смертный приговор, и 30 января 1649 г. король был казнен. Это был кульминационный пункт революции, ее победа, достигнутая, как отмечал Энгельс, «исключительно благодаря вмешательству... йоменри и плебейского элемента городов».