Тем временем Кромвель с лета 1650 г. повел войну против Шотландии. После первых блестящих успехов наступил краткий период штландского контрнаступления. Карл II во главе шотландской армии вторгся на английскую территорию, но в сентябре 1651 г. в битве при Вустере Кромвель окружил и взял в плен почти всю армию противника, хотя самому претенденту на английский престол удалось бежать. К началу 1652 г. и Шотландия была полностью завоевана.
Победы, еще выше подняв престиж Кромвеля как одного из выдающихся полководцев своей эпохи, в то же время способствовали внутреннему разложению республики.
12 августа 1652 г. парламент принял «Акт об устроении Ирландии» — чудовищный документ, которым определялся характер дальнейших репрессий против участников восстания, т.е. практически против всего ирландского народа, и придавалась видимость законности разграблению ирландских земель. Кредиторы парламента, офицеры армии стали крупнейшими лендлордами в Ирландии; в их руки перешли земли крестьян и крупных землевладельцев, замки, охотничьи угодья и т.д. Огромная и постоянная дань поступала с тех пор из Ирландии за счет труда ее голодных и забитых крестьян в карманы новой земельной аристократии.
В меньших масштабах производилась конфискация земель у той части шотландского дворянства, которая воевала против Англии. Старые аристократические семейства лишились части своих земель, перешедших в руки английских и шотландских буржуа. Однако Шотландия не подверглась такому жестокому ограблению и порабощению, как Ирландия. Это объясняется тем, что еще в средние века шотландскому народу удалось отстоять свою независимость; с 1603 г. Шотландия была связана с Англией лишь общим королем, и если в Ирландии Кромвель завершил давно (еще в XII в.) начатое завоевание, то Шотландия была завоевана Англией впервые. Это вынуждало англичан к более осторожным действиям.