Купечество и феодалы южной части страны были недовольны господством иностранцев, наличием французских гарнизонов, утечкой доходов казны во Францию. Знаменем борьбы против французского господства стал протестантизм, причем более радикального, чем английский, кальвинистского толка. Последователи Жана Кальвина выступали против католической догматики и обрядности, за дешевую церковь, организованную по республиканскому принципу.
Во главе кальвинистской общины стояли пресвитеры — выборные старшины, и министры-проповедники. Съезды министров руководили кальвинистами различных областей или целой страны. Таким образом, кальвинизм отрицал верховенство над церковью не только папы, но и короля, епископа и любого другого лица.
Купечество шотландских городов, как и часть южных феодалов, увидело в кальвинизме как раз такую веру, которая соответствовала их задачам борьбы за независимость против католической Франции и англиканской Англии. Они создали свой союз —«Ковенант» и в 1559 г. начали военные действия против французов. Елизавета оказала кальвинистам военную помощь, надеясь таким образом не только подготовить завоевание Шотландии, но и нанести удар Марии Стюарт. В 1560 г. шотландские кальвинисты при помощи англичан одержали победу. В стране была введена пресвитерианская (т.е. кальвинистская) церковь, а церковные богатства секуляризованы. Победа, однако, была еще не окончательной. Вскоре Мария Стюарт возвратилась в Шотландию (после смерти Франциска II), где попыталась восстановить католицизм. Именно в это время усилились ее связи с английскими северными феодалами, считавшими Марию единственной законной королевой Англии. Но победоносное восстание шотландских кальвинистов в 1567 г. вынуило королеву бежать в Англию и просить убежища у Елизаветы, на престол которой она претендовала. Убежище ей было предоставлено — в крепости, откуда она почти через двадцать лет взошла на эшафот.